Yψηλού επιπέδου είναι και η μεταπτυχιακή εκπαίδευση στην Οδοντιατρική Σχολή. Για παράδειγμα, σύμφωνα με τον πρόεδρο της Σχολής, το μεταπτυχιακό πρόγραμμα της Παιδοδοντιατρικής που έχει αξιολογηθεί από εξωτερικούς εμπειρογνώμονες, έχει κριθεί ως ένα από τα τέσσερα καλύτερα προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών στην Παιδοδοντιατρική στην Ευρώπη.

Η Οδοντιατρική Σχολή, όμως αντιμετωπίζει αρκετά προβλήματα και σημαντικές ελλείψεις, που την οδήγησαν στο «κλείσιμο για μεγάλο χρονικό διάστημα». Τελικά, η ηγεσία του υπουργείου Παιδείας ενέσκηψε στα προβλήματα της Σχολής και αποφάσισε να προχωρήσει σε έκτακτη επιχορήγηση ύψους 200.000 ευρώ προκειμένου να εξοπλιστούν με υλικά οι κλινικές. Έτσι, η Σχολή άνοιξε πρόσφατα και συνεχίζει να εξυπηρετεί οδοντιατρικούς ασθενείς.

Λόγω της απεργίας στην οποία είχαν προχωρήσει τα μέλη ΔΕΠ της Οδοντιατρικής Σχολής Αθηνών υπήρχε κίνδυνος οι φοιτητές να χάσουν εξάμηνο. Ωστόσο, όπως τονίζει ο πρόεδρος της Σχολής κ. Μαδιανός, η Γενική Συνέλευση της Σχολής αποφάσισε να παρατείνει την εκπαιδευτική διαδικασία, προκειμένου να συμπληρωθεί ο αριθμός των 13 εβδομάδων κλινικής άσκησης ανά εξάμηνο και οι φοιτητές να μη συναντήσουν κάποιο πρόβλημα κατά τη διάρκεια της φοίτησής τους.